基因追蹤將 SARS-CoV-2 與野生動物市場的動物聯系起來

這病毒后新型冠狀病毒 （COVID-19）似乎首先是從武漢華南海鮮市場的圈養野生動物跳到人類身上的，現在一項新的研究確定了可能攜帶病毒。

新的分析——對市場關閉后不久收集的宏基因組 RNA 數據——也支持積累證據SARS-CoV-2 病毒的起源。

第一個麻煩的跡象2019 年底在中國湖北省省會武漢。除了現已關閉的海鮮和動物市場外，這座城市還是武漢病毒研究所 （WIV） 的所在地，科學家們在那里研究冠狀病毒。

雖然研究表明 SARS-CoV-2不是在實驗室制造的，它與 WIV 出現在同一個城市引起了懷疑并引發了廣泛的猜測。例如，即使它是自然進化的，一種流行的理論表明該病毒也可能是逃脫研究人員從野外收集了它。

有證據不足然而，許多病毒學家表示，病毒從華南市場的許多其他哺乳動物之一跳到人類身上的可能性要大得多，那里的條件已經成熟人畜共患溢出.

為了明確起見，一個國際研究團隊于 2020 年初對中國疾病預防控制中心 （CDC） 收集的數據進行了新的分析。

“這是關于 COVID-19 起源存在的最重要的數據集之一大流行病,"說該研究的資深作者、法國國家科學研究中心 （CNRS） 的進化生物學家 Florence Débarre。

“我們非常感謝這些數據的存在和共享。”

中國疾病預防控制中心的調查人員于 2020 年元旦進入華南市場，當時市場因 COVID 關閉數小時后。雖然動物已經走了，但該團隊從環境中采集了樣本。

在最初對飼養動物的隔間表面進行擦拭后，該團隊幾天后返回，對更多的攤位、籠子和手推車進行擦拭，并從下水道和下水道收集樣本。

他們還使用宏轉錄組測序來揭示樣本中檢測到的每種生物體的每個 RNA 序列以及一些 DNA，并將這些與截至 2020 年 2 月 14 日的 SARS-CoV-2 早期病例的樣本進行了比較。

中國 CDC 團隊發表他們在自然界在 2023 年。他們總共有 800 多個樣本，雖然他們沒有具體說明哪些動物是 SARS-CoV-2 的潛在中間宿主，但他們確實在開放訪問存儲庫中分享了他們的測序數據。

作者解釋說，這使得新的分析成為可能，該分析通過對樣本的線粒體基因組進行基因分型來識別樣本中的動物物種。

Débarre 與第一作者、微生物學家 Alexander Crits-Christoph 及其同事一起，在飼養動物（包括貉子和果子貍）的攤位中發現了病毒的證據。一些樣本甚至在一個拭子上同時含有來自動物和 SARS-CoV-2 的遺傳物質。

“在中國疾病預防控制中心的團隊到達之前，許多關鍵動物物種已經被清除，因此我們無法直接證明這些動物被感染，”Débarre說.

“我們在環境樣本中看到了這些動物的 DNA 和 RNA 幽靈，有些也在發現 SARS-CoV-2 的隔間中，”她增加.“這就是在市場上有受感染動物的情況下你所期望的。”

該研究還包括對 COVID 早期病毒基因組的進化分析，尋找引發大流行的病毒的可能前身。結果表明，以前幾乎沒有人被感染過與市場相關的疫情.

“在本文中，我們表明與市場相關的序列與市場涌現是一致的，”Débarre說.“SARS-CoV-2 的主要多樣性從一開始就在市場上。”

根據他們的發現，作者列出了市場上最有可能起到的作用的動物物種的簡短清單中間主機.

普通的貉 （Nyctereutes procyonoides）是樣本中基因最豐富的動物，但他們報告說，來自蒙面棕櫚果子貍（Paguma 幼蟲）也與來自 SARS-CoV-2 的 RNA 一起出現在一個攤位中。

研究人員指出，這兩個物種都與最初的 SARS 爆發有關，普通的貉子已知對 SARS-CoV-2 易感。

“我們知道，這些動物與促成最初的 SARS 的動物相同冠狀病毒在 2002 年跳入人類，”說亞利桑那大學的生態學家邁克爾·沃羅貝。

“這是我們能做的最冒險的事情——帶走那些渾身是病毒然后通過讓它們與生活在大城市中心的人類接觸來玩火，這些城市的人口密度使這些病毒很容易扎根，“Worobey增加.

雖然這項新研究沒有證明任何動物感染了 SARS-CoV-2，但它確實提供了有助于未來調查的線索，并進一步將華南市場確立為 COVID 的發射臺。

“這篇論文為不斷積累的證據增加了另一層，這些證據都指向相同的情況：受感染的動物于 2019 年 11 月中下旬被引入市場，這引發了大流行，”說美國斯克里普斯研究所的進化生物學家克里斯蒂安·安德森。

這不僅與對 COVID 起源的回顧性研究有關，而且與預防未來的大流行病.

“自四年多前大流行開始以來，盡管人們越來越關注實驗室安全，但并沒有采取太多措施來降低此類人畜共患病情況再次發生的可能性，”Worobey說.

該研究發表在細胞.

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